Olá,
Nas Widgets existe o arquivo application.info e nele você pode declarar a versão da sua Widget na propriedade application.version. O valor colocado ali será inserido como QueryString quando chamar os arquivos listados em application.resource. Como a URL de chamada muda, pois você mudou a versão, o navegador deve procurar novamente no servidor ao invés de utilizar o cache.
Por exemplo: eu tenho a versão declarada como application.version=0.3.0 e um recurso declarado como application.resource.js.1=/resources/js/ReuniaoDirexV4.min.js, isso fez a URL ficar URL_DO_Servidor/ReuniaoDirexV4/resources/js/ReuniaoDirexV4.min_pt_BR.js?v=0.3.0
Já para os recursos que você inclui nos arquivos .ftl você deve incluir a variável da versão após as chamadas conforme orientado na documentação https://tdn.totvs.com/display/public/fluig/Cache+busting