Talves a chave do Dataset que você tá usando está duplicada, e o Fluig ignora as linhas que tiverem a mesma chave de um registro existente do Dataset
O que eu faria para solucionar isso é criar uma função de limpar dataset antes de cada sincronização
function clearDataset(codDataset) {
log.info("#### limpando dataset " + codDataset);
var dataset = DatasetFactory.getDataset(codDataset, null, null, null); // busca o dataset completo
if(dataset != null && dataset.rowsCount > 0){ //se o dataset tem registros
var values = dataset.getValues();
for(var row in values){ // para cada linha retornada no seu dataset
dataset.deleteRow([values[row][0], values[row][1]]); // apaga a linha (ajustar colunas de acordo com seu dataset)
}
}
}
Defina essa função abaixo da do CreateDataset e chame-a antes de datasetBuilder