Acabei de ajustar aqui e deu certo... Obrigado Laércio, apenas adicionei mais um replace retirando o outro ponto de milhão na função...

function removeMaskMoney (x){
                    x = ""+x;
                    y = 0;
                    if ((x.replace(",", ".") != x )){
                        if (x.replace(".", "") != x ){
                            aux = x;
                            x = x.replace(".", "");    
                            x = x.replace(".", "");                            
                        }
                        else {
                            aux = x;
                        }
                        if(x.replace(",", ".") != x){
                            x = x.replace(",", ".")
                        }else{
                            x = aux;
                        }
                    }
                    if (isNaN(parseFloat(x)) ){
                        x = 0;
                    }else{
                        x = parseFloat(x)
                    }
                    return x;
                }

                function tiraMascara(e){
                 value = removeMaskMoney ($(e).val());
                  $("[name=var_est_sem_mask]").val( value)
                }

No HTML ficou assim, apenas mudando o tipo do inout para numero para a atividade.

<div class="form-field" data-type="number" data-show-properties="" data-field-name="var_est">
    <div class="form-input">
        <div class="form-group">
            <label>Valor Estimado a Contrar</label>
            <span class="required text-danger"><strong>*</strong></span>
            <input type="text" class="form-control" name="var_est" value="" onchange="tiraMascara(this)" placeholder="" data-size="small" mask="#00.000.000,00" data-only-numbers="" required="required" style="width: 100%;">

            <input type="text" class="form-control" name="var_est_sem_mask" value="" >

        </div>
    </div>
</div>