Via Soap teoricamente é simples. Basta no Protheus você mandar gerar um client a partir do endereço dos Webservices do Fluig. Nesse link https://tdn.totvs.com/pages/releaseview.action?pageId=73084007 você verá todos os webservices padrões disponíveis no Fluig.
Utilizando o TDS, vai em Arquivo -> Novo -> Novo Fonte WSDL Advpl.
Na sequência você parametriza os dados com o endereço do seu Fluig + o Webservice que você quer consumir, por exemplo http://seu.fluig.com.br/webdesk/ECMWorkflowEngineService?wsdl
Esse processo irá gerar um fonte a ser compilado no Protheus e que irá consumir o Webservice do Fluig. Com esse Client gerado, basta apenas via Advpl passar os dados referente ao método a ser utilizado. No exemplo que passei há um método chamado "startProcessClassic" utilizado para iniciar processos no Fluig, com ele você conseguirá a partir do Protheus iniciar novo processo dentro do Fluig.