Olha que curioso, para testar o comportamento de exportar/importar peguei um processo meu que tem script de diagrama, e exportei gerando nova versão. Logo em seguida apaguei os scripts da pasta scripts do projeto e importei o processo novamente. E os scripts não foram importados...Será meu plugin do Fluig para Eclipse pode estar bugado?

Thaua, pode ser que sim, para conferir essa possibilidade você pode importar na página Configuração de processos, seleciona ele, exporta e depois importa no eclipse, ou acessa os arquivos que serão gerados. Assim, poderá confirmar se o problema é o eclipse ou o Fluig.

Também não rolou, Alef... Abri um chamado na TOTVS, vou aguardar a resposta deles e informo o resultado aqui. De qualquer forma a sua ajuda e do Matheus foram muito úteis, obrigado!

Erro resolvido, a pasta script do meu projeto estava dentro da pasta workflow\diagram\, quando na verdade, deveria estar em workflow\ somente... Mesmo assim acho que na hora da importação o sistema poderia criar essa pasta né... Mas tudo bem, problema resolvido. Obrigado a todos que tiraram um tempo para tentar ajudar!

Eu ainda acho muito ruim, visualmente, todos os scripts de processo ficarem na mesma pasta. Adoraria poder organizar cada script dentro de uma subpasta com o nome do processo. É possível fazer isso com os datasets, mas quando a gente importa o dataset ele cai na pasta de datasets sem manter a organização feita anteriormente. Mas são problemas só visuais mesmo.