Olá Leandro,
Depende das necessidades que você tem. Por exemplo, se vai usar as mesmas funções em mais de um processo, é necessário copiar a função .JS para o Projeto fluig no Eclipse.
Se você vai utilizar funções Javascript em vários formulários, é possível criar uma arquivo .WAR que servirá como uma biblioteca de funções, não confunda com uma widget, a forma de deploy no fluig continua a mesma.
Você cria sua biblioteca e faz o deploy dela copiando no diretorio "apps" de instalação do fluig.
É uma prática interessante para refatorar código. Compartilhei um exemplo em anexo.