Rafael,
Recomendo você realizar estes uploads via FTP, é muito rápido e prático. Veja essa documentação.
Os documentos que vc fizer upload ficarão aguardando a publicação com a respectiva credencial do usuário que você utilizou para logar no FTP.
Como publicar?
Vá na pasta que será o "root" e clique em novo > publicação múltipa
Na tela de publicação múltipla, não se esqueça de marcar "Publicar Diretorios" para que ele crie a estrutura de pastas conforma upload feito no FTP e "Limpar Diretorio" para apagar os arquivos "temp".
Atenciosamente,
Felipe Louzada