Bom dia Raphael,
nesse caso creio que seria melhor utilizar algum evento de processo, por exemplo um afterProcessFinish que executa após a finalização de uma solicitação. A lista de eventos disponíveis e a informação de em que momento são executados pode ser conferida aqui Eventos de Processo
Nos eventos, tanto de formulário quanto de processo, a forma de executar requisições é utilizando um serviço (client) previamente cadastrado via Painel de Controle ou Studio. Se o webservice do Protheus em questão é SOAP você pode seguir essa documentação Integrações via SOAP ou se for REST seguir esse guia Integrações via REST
Existe também na fluig Academy um treinamento específico de Integração do fluig com o Protheus: Integração fluig & Protheus