@Raphael,

Veja se isto resolve:

Consulto o dataset document filtrando as pastas e monto a lista de opções:

// Constraints para filtrar as pastas
var c1 = DatasetFactory.createConstraint("documentType", 1, 1, ConstraintType.MUST); // Somente pastas
var c2 = DatasetFactory.createConstraint("parentDocumentId", 0, 0, ConstraintType.MUST); // Pasta pai, padrão 0
var constraints   = new Array(c1, c2);

var sortingFields = new Array("documentDescription"); // Ordenar por nome

var cHTML = "<h3><strong>Selecione a pasta</strong></h3>";
var cHTML = "<input type='hidden' id='folder'> ";  // Cria um campo oculto onde será armazenado a pasta selecionada. O ideal é criar um campo no formulário para persistir os dados no BD
var folders = DatasetFactory.getDataset("document", null, constraints, sortingFields);

for(var s = 0; s < folders.values.length; s++) {    

    var codigo = folders.values[s]["documentPK.documentId"];
    var descri = folders.values[s].documentDescription;

    cHTML += "<span class=\"fluigicon fluigicon-folder-open fluigicon-lg\"></span> &nbsp; <label>";
    cHTML += "<input type=\"radio\" name=\"codFolder\" onclick=\"$('#folder').val("+ codigo + ")\" value=\""+ codigo + "\">"+
     " " + codigo + " - " + descri + "</label></br>";

}                
console.log( cHTML );
$("#MINHA_DIV").html( cHTML );

Substitua o #MINHA_DIV por um componente no seu formulário. E não esqueça de importar a biblioteca para trabalhar com Datasets:

<script type="text/javascript" src="/webdesk/vcXMLRPC.js"></script>

Qualquer dúvida/problema comenta aqui. Atte.

EDIT: Adicionei uma imagem de exemplo de como fica. Para descobrir qual pasta foi selecionada utilize:

$("#folder").val()