A solução que precisei fazer foi a seguinte:

A estrutura do meu código estava errada. Então decidi criar a seguinte função para tratar o autocomplete

function inicializarAutoCompleteOperacoes(){
     //a variavável operacoes é um array que é preenchido em outra função
    //Tive que fazer desse jeito senao o autoComplete nao funcionava!    
    if (operacoesAutoComplete !== undefined){
        operacoesAutoComplete.destroy();
        operacoesAutoComplete = undefined;
    }

    operacoesAutoComplete = FLUIGC.autocomplete("#inputOperacaoNome", {
        source: substringMatcher(operacoes),
        displayKey: 'description',
        allowDuplicates: false,
        hint: true,
        tagClass: 'tag-gray',
        type: 'autocomplete'
    });      

}

Acontece que eu precisava chamar o autoComplete logo após que o usuário mudasse o valor de um input específico. Mas parece que precisa recriar o autocomplete.

Após preencher o array de operações (em outra função) com vários nomes, eu simplesmente chamo essa função inicializarAutoCompleteOperacoes() e deu certo